百赞星人的妻子女百赞星人为了给丈夫报仇，派黑色奥特曼夏德奥特曼来到了地球。哉阿斯奥特曼在南极被夏德打败了。受着战败的影响，朝日胜人（关口正晴 饰）失去信心，从MYDO辞职了。

　　有一天，馬古路星人及孿生怪獸來襲地球。當時身任地球防衛隊MAC的隊長諸星團，立即變身為賽文奧特曼迎戰。但不敵，幸得雷歐奧特曼現身相助，才合力把怪獸趕走。　　在此戰役中，諸星團因傷重而瘸腿，且損壞了

　　人间体乡秀树的梦想是成为一名出色的赛车手，可这个梦想在第一集中破灭了——乡秀树为了救一个为救小狗鲁莽行事的小孩而不幸被残暴的怪兽杀害。和他共事的挚友坂田（女朋友秋子的哥哥）把他们刚合作完成的赛车点

　　受到突如其来的怪兽袭击，地球上的人类几乎灭亡。为了人类最后的希望，由7名女性组成的TEAM·U守护着地球上最后的孩子。　　与此同时，因为听到呼唤而从其它宇宙前来的赛罗奥特曼、戴拿奥特曼和高斯奥特曼

　　大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。　　现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。　　没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系